《初刻拍案惊奇》内容很复杂，思想倾向也不尽相同。故事题材虽多出自前代著述，但经过凌氏的再创作，却表现着晚明的社会现实和时代气息，浸含着凌氏本人的思想观念和愤世俗的不平之气。
　　《初刻拍案惊奇》中具有认识价值和积极意义的作品主要以下二类：其一是描写商人思想行径、命运遭际的作品。如《转运汉遇巧洞庭红，波斯胡指破鼍龙壳》、《李公佐巧解梦中言，谢小娥智擒船上盗》等，这类作品客观上反映了明代中叶后由于资本主义萌芽所带来的经商热和当时商业活动的一些特点，也反映了当时人们对商人看法的变化，说明商人和商业在小说中进一步被关注和肯定。其二是描写婚恋的作品。在这类作品中，凌氏表现了较为进步的妇女观和婚姻观。如《张溜儿巧布迷魂阵，陆蕙娘立决到头缘》、《酒下酒赵尼媪迷花，机中机贾秀才报怨》、《通闺闼坚心灯火，闹囹圄捷报旗铃》等。这类作品表现了倡真情、反礼教的思想，反映了市民的思想趣味。
　　《初刻拍案惊奇》题材内容方面存在的问题主要有两点。其一是露骨的色情描写。如《西山观设度亡魂，开封府备棺追活命》、《乔兑换胡子宣淫，显报施卧师入定》、《夺风情村妇捐躯，假天语幕僚断狱》等都有猥亵描写。这类作品表现出市民的庸俗情趣。其二是浓厚的宗教迷信、因果报应、宿命论思想。如《王大使威行部下，李参军冤报生前》、《酒谋财于郊肆恶，鬼对案杨化借尸》、《李克让竟达空函，刘元普双生贵子》、《感神媒张德容遇虎，凑吉日裴越客乘龙》等充满了感神遇鬼，善恶报应等的描写。此外歪曲丑化农民起义的作品，如《钱多处白丁横带，运退时刺史当艄》、《何道士因术成奸，周经历因奸破贼》等，暴露了凌氏政治立场的反动。可见《初刻拍案惊奇》在思想内容上消极方面和糟粕比“三言”要多。