《二刻拍案惊奇》的思想内容和创作旨趣与《初刻拍案惊奇》一脉相承，反映明代后期市民阶层的社会生活更为广阔，凡是人伦道德的各个主题，都或多或少地涉及到了。同时，明末内忧外患纷起，社会矛盾更加复杂尖锐，这一状况，《二刻拍案惊奇》表现得也比《初刻拍案惊奇》更为充分，诸如贫富悬殊造成的心理倾斜，官僚腐朽造成的社会动荡，封建婚姻制度激起的青年男女的反抗，新兴商人阶层对士农工商四民秩序的挑战，淫靡世风膨胀起的人欲对天理道学的反叛等等，勾勒出一幅晚明社会日薄西山的惨淡图画。
　　《二刻惊奇拍案》的思想内容是比较复杂的，但从总体上看，在一定程度上反映了新兴的市民阶层的思想观念，其所提倡的传统道德中也有不可否定的健康成分，主流还是比较好的，如商人由厄运而致富，读书人由贫寒而成名；清官们断案如神，贪吏们枉法如虎；恶棍们奸淫揽讼，骗子们尔虞我诈；青年们怎样追求忠贞不贰的爱情，而封建礼教又如何制造婚姻悲剧，其中偶然有庸俗趣味的描写，如写得较为露骨的性欲，但正如《二刻拍案惊奇.小引》作者所说的，是“意存劝戒，不为风雅罪人”。虽然他在自己的作品中有时便做不到这一点，在作品但这一点也可以理解为“食色、性也”，亦可认为是作者重视人性，尊重人性的表现。至于猎奇之类，《初刻拍案惊奇.绪言》作者自言：“事类多近人情日用，不甚及鬼怪虚诞。正以画犬马难，画鬼魅易，不欲为其易而不足征耳。亦有一二涉于神鬼幽冥，要是切近可信，与一味驾空说谎，必无是事者不同。”